Нужны ли протоколы аттестаций и, если да, то по какой форме их составлять: на каждый предмет? на каждый зачет?

Законодательно установленного порядка нет.

В известной нам практике заведен такой порядок: на каждый предмет и на каждый экзамен составляется ведомость. В заголовке пишется предмет и класс, а ниже пишется фамилия и инициалы учащегося и отметка (если аттестуется несколько учеников-семейников сразу, то в одну ведомость вносятся данные на каждого). Еще ниже подпись, фамилия учителя и дата. Это устраивает и школу, и управление образования.

Принимает экзамены – учитель, и только в случае неаттестации собирается комиссия ст. 58 ч. 6